Yamaha r1 2004-06 г.в.

В 2004 году модель вновь обновляется, получая новый дизайн с выхлопной системой под сиденьем и радиальные передние суппорта (диаметр тормзных дисков также увеличивается: 298 → 320 мм). Новый двигатель с повышенной степень сжатия и более коротким ходом увеличивает мощность до 172 л.с. Впервые используется система инерционного наддува (Ram-Air). Система впрыска имеет двойные инжектора. Уже в базе мотоцикл оснащается рулевым демпфером. Изменена геометрия рамы и распределение веса мотоцикла для снижения эффекта "вилли".

В 2006 году Yamaha R1 немного изменилась, получив оптимизацию по двигателю (+3 л.с. мощности) увеличенный на 20 мм маятник (для более стабилизации мотоцикла при интенсивном ускорении). Изменилась рама. Мотоциклы оснащаются системой проскальзывающего сцепления.