В 2003 году модель претерпевает первый серьезный рестайлинг. Меняется внешний вид пластика и передней фары, колеса становятся 5-лучевыми. Обновленная модель получает инжектор вместо карбюратором, что привело к ощутимому повышению тяги в зоне низких и средних оборотов, хотя показатели максимальной мощности остались на прежнем уровне - 120 л.с. Новое поколение рамы Deltabox. Снаряженная масса снижается на 6 кг.
В 2005 году модель Yamaha YZF-R6 вновь меняется. Мотоцикл оснащается 41 мм перевернутой вилкой и радиальными суппортами, диаметр передних тормозных дисков увеличивается: 298 → 310 мм. По двигателю, модель получает модифицированные системы впуска и выпуска (увеличен диаметр выпускного коллектора до 40 мм). Меняется размерность передней шины: 120/60ZR17 (55W) → 120/70ZR17 M/C (58W).
цвет: черный
год: 2005
цвет: Cеребро
год: 2003
цвет: Желтый
год: 2003
цвет: Синий
год: 2003
цвет: Красный
год: 2003
цвет: серебро
год: 2004
цвет: серо-черный
год: 2004
цвет: красный
год: 2004
цвет: синий
год: 2004
цвет: красный
год: 2005
цвет: синий
год: 2005
цвет: черный
год: 2005
цвет: Rossi
год: 2005